Embora geralmente raras, os procedimentos de fechamento de FOP apresentam certos riscos potenciais. Estes podem incluir a perfuração ou laceração das paredes cardíacas e vasculares, que podem ocorrer devido ao dispositivo de fechamento ou aos fios-guia. O dispositivo também pode causar danos aos tecidos cardíacos adjacentes, potencialmente necessitando de correção cirúrgica. Em alguns casos, o dispositivo pode se deslocar dentro das câmaras cardíacas, exigindo intervenção cirúrgica. Após o procedimento, complicações raras incluem infecções, que exigiriam tratamento antibiótico. Infrequentemente, coágulos sanguíneos podem se formar no dispositivo de fechamento, muito raramente levando a um acidente vascular cerebral. Além disso, distúrbios do ritmo cardíaco (arritmias) podem se desenvolver tanto durante quanto após o procedimento.