Malabsorpsiyon sendromu olarak da bilinen emilim bozukluğu, çeşitli hastalıklar ve durumlar neticesinde ortaya çıkabilmektedir. Başlıca nedenler arasında Çölyak hastalığı, Crohn hastalığı gibi inflamatuar bağırsak hastalıkları, radyoterapiye bağlı gelişen bağırsak rahatsızlıkları, Whipple hastalığı, kistik fibrozis, pankreas travması veya alkole bağlı pankreas yetmezliği ve paraziter veya bağırsak kurdu enfeksiyonları bulunmaktadır.