Le syndrome de malabsorption, également connu sous le nom de trouble de l'absorption, peut survenir à la suite de diverses maladies et conditions. Parmi les causes principales figurent la maladie cœliaque, les maladies inflammatoires de l'intestin telles que la maladie de Crohn, les troubles intestinaux liés à la radiothérapie, la maladie de Whipple, la mucoviscidose, l'insuffisance pancréatique due à un traumatisme ou à l'alcool, ainsi que les infections parasitaires ou par des vers intestinaux.