Kolonoskopi sonrası hastaların yaklaşık 1 saat boyunca hastane ortamında dinlenmesi sağlanır. İşlemden sonra aynı gün evlerine gönderilebilirler. Sakinleştirici ilaçlar kullanıldığı için hastanın yanında bir refakatçinin bulunması büyük önem taşır. Kolonoskopi günü araç kullanılmamalı, önemli kararlar alınmamalı ve işe dönülmemelidir. İşlemden sonraki birkaç saat içinde bağırsaklardaki hava birikimine bağlı olarak şişkinlik ve gaz sancısı yaşanabilir. Yürüyüş yapmak bu tür rahatsızlıkları hafifletebilir. Ağır kaldırmaktan veya yorucu fiziksel aktivitelerden kaçınılmalıdır. Kolonoskopi sonrası dışkıda az miktarda kan görülmesi genellikle normal kabul edilir ve endişe verici değildir. Ancak kanamanın devam etmesi veya şiddetlenmesi durumunda derhal doktorunuza başvurmalısınız. Günlük aktivitelere tam olarak dönmek için genellikle bir gün beklenmesi tavsiye edilir. Normal beslenme düzenine geçiş yapılabilir; ancak kolonoskopi sırasında biyopsi alındıysa veya polip çıkarıldıysa, doktorunuz özel bir diyet önerebilir. Bol sıvı tüketimi iyileşme sürecinde önemlidir. Kan sulandırıcı ilaç kullanan hastaların, doktor tavsiyesiyle bu ilaçlara geçici bir süre ara vermeleri istenebilir. Ancak hiçbir ilaç doktor önerisi olmadan bırakılmamalıdır.