Botoks uygulaması, kas kasılmalarını engelleyici özelliği sayesinde akalazya tedavisinde geçici bir seçenek olarak kullanılabilir. Ancak, botoks enjeksiyonlarının etkisi kısa süreli olup kalıcı bir iyileşme sağlamaz ve düzenli tekrarlar gerektirir. Tekrarlanan uygulamalar, yemek borusunun alt kısmında fibrotik doku gelişimine neden olabilmektedir. Bu faktörler göz önüne alındığında, botoks akalazya tedavisinde genellikle birincil tercih edilen bir yöntem olarak kabul edilmez.