Nöronavigasyon sistemi, ağırlıklı olarak Beyin, Sinir ve Omurilik Cerrahisi (Nöroşirurji) branşındaki aşağıdaki cerrahi girişimlerde kullanılır:

* Beyin tümörü ameliyatları
* Beyin kanaması ameliyatları (intrakraniyal hemoraji)
* AVM (Arteriovenöz Malformasyon) gibi beyin damar hastalıklarının cerrahi tedavisi
* Parkinson hastalığı ve benzeri tremorla seyreden durumlarda uygulanan Derin Beyin Stimülasyonu (DBS) ameliyatları
* Omurga ameliyatları ve omurgaya yerleştirilen implantların (vida, çubuk vb.) hassas konumlandırılması
Bunlara ek olarak, nöronavigasyon sistemi bazı ortopedi ameliyatlarında da kullanılabilmektedir.