Система нейронавигации преимущественно используется в следующих хирургических процедурах в рамках Нейрохирургии (хирургии головного мозга, нервов и спинного мозга):

* Операции по удалению опухолей головного мозга
* Операции при внутричерепных кровоизлияниях
* Хирургическое лечение цереброваскулярных заболеваний, таких как артериовенозные мальформации (АВМ)
* Операции по глубокой стимуляции мозга (DBS) при болезни Паркинсона и аналогичных состояниях, связанных с тремором
* Операции на позвоночнике и точное размещение имплантатов (винтов, стержней и т. д.) в позвоночнике
Кроме того, система нейронавигации может также применяться в некоторых ортопедических хирургических процедурах.