Kara mantar hastalığı tanısı konulan kişilerin tedavisine derhal ve agresif bir şekilde başlanması gerekmektedir. Bu tedavinin temelini, antifungal olarak adlandırılan mantar ilaçları oluşturur. Antifungal ajanlar, enfeksiyona neden olan mantarların büyümesini durdurarak ve onlara zarar vererek enfeksiyonu kontrol altına alır.

Kara mantar hastalığı tedavisinde kullanılan antifungal ilaçlar, damar yoluyla (intravenöz) veya ağızdan alınarak kullanılabilir. Genellikle tedavinin ilk aşamasında, enfeksiyonu hızla kontrol altına almak amacıyla yüksek dozda damar içi ilaçlar uygulanır; bu aşama birkaç hafta sürebilir. Damar yolu tedavisinin tamamlanmasının ardından, ağızdan alınabilen antifungal ilaçlara geçilebilir.

Kullanılan antifungal ilaçların güçlü yapısı ve yüksek dozları nedeniyle hastalarda çeşitli yan etkiler görülebilir. Karın ağrısı, mide ekşimesi veya nefes darlığı gibi belirtilerin ortaya çıkması durumunda hastaların sağlık uzmanlarını derhal bilgilendirmesi önemlidir.

Ciddi vakalarda cerrahi müdahale gerekebilir. Bu, kara mantar enfeksiyonundan dolayı ağır hasar görmüş dokuların çıkarılmasını içerir ve enfeksiyonun vücudun diğer bölgelerine yayılmasını engellemeyi hedefler. Bu tür operasyonlar, klinik olarak gerekli görüldüğünde burun, akciğer veya göz gibi organların bir kısmının çıkarılmasını dahi içerebilir. Bu cerrahi prosedürler hastaların görünümünde bazı değişikliklere yol açabilse de, yaşamı tehdit eden kara mantar enfeksiyonunu kontrol altına almadaki kritik rolleri göz ardı edilmemelidir.