Kan uyuşmazlığı, hamile bir kadının ve bebeğinin Rh faktörlerindeki farklılıktan kaynaklanır. Annenin Rh faktörü negatif olsa bile, bebek babasından Rh pozitif faktörünü miras alabilir. Gebelik sürecinde bebeğin kırmızı kan hücreleri plasenta yoluyla annenin kanına geçebilir. Anne Rh negatif ise, bağışıklık sistemi bebeğin Rh pozitif hücrelerini yabancı madde olarak algılar ve bu hücrelere karşı antikor üretir. Bu antikorlar plasentadan bebeğe geçerek, bebeğin kırmızı kan hücrelerini yok eder. Yok olan kırmızı kan hücreleri bilirubin üretimini artırır ve bebekte sarılık (ikter) oluşmasına neden olur.

Bebeğin kanındaki bilirubin seviyesi hafiften hayati tehlike arz edecek kadar yüksek seviyelere ulaşabilir. Bu risk doğum sırasında veya doğum yaklaşırken en yüksek seviyesindedir. Anne, düşük veya kürtaj geçirmediği sürece genellikle ilk bebeğinde bu sorundan etkilenmez, çünkü annenin antikor geliştirmesi zaman alır. Ancak daha sonra doğacak Rh pozitif bebekleri kan uyuşmazlığından etkilenebilir.