Pernisiyöz aneminin tedavisi, B12 vitamini emilimini artırmaya yönelik çeşitli yöntemler içerir. Bu yöntemler arasında, bağırsak florasını dengelemek için bazen antibiyotik kullanımı, B12 eksikliğini gidermek amacıyla kas içine enjeksiyonlar ve oral B12 takviyeleri bulunmaktadır. Hafif vakalarda burun spreyleri veya gıda takviyeleri tercih edilebilirken, ağır vakalarda B12 desteği intravenöz (damar yoluyla) veya intramüsküler (kalçadan) enjeksiyonlarla sağlanabilir.

Ayrıca, hastalığın altında yatan kardiyovasküler, nörolojik veya gastroenterolojik sorunlar varsa, bu durumları da kapsayan kombine bir tedavi planı uygulanabilir. Tedavi süresince hastanın B12 depoları düzenli olarak takip edilir ve yaşam tarzı ile beslenme alışkanlıklarında değişiklikler önerilebilir. Beslenme programına balık, yumurta, süt, peynir, beyaz ve kırmızı et gibi B12 açısından zengin gıdaların eklenmesi de faydalıdır.