Hastaların işlem öncesinde hastaneye aç olarak gelmeleri gerekmektedir. Diğer endoskopik yöntemlerden farklı olarak, ERCP genellikle hastanın normal beslenme düzenine dönene kadar işlem sonrası bir günlük hastane yatışını ve takibini gerektirir. Hastaların, gastroenterologları tarafından verilen özel talimatlara kesinlikle uymaları zorunludur. Mevcut tüm ilaçlar ve bilinen alerjiler hakkında hekimi bilgilendirmek büyük önem taşımaktadır. ERCP öncesinde anestezi uygulanır. Bir endoskop dikkatlice ağızdan yerleştirilir, yemek borusu, mide ve onikiparmak bağırsağına ilerletilir. Onikiparmak bağırsağından, safra ve pankreas kanallarının ortak açıklığı olan papilla bulunur. Daha sonra bu kanallara kontrast sıvı enjekte edilerek ayrıntılı görüntüler elde edilir ve bu sayede normal veya anormal özelliklerin değerlendirilmesi sağlanır. Terapötik müdahale gerekiyorsa, endoskop aracılığıyla özel mikro-aletler geçirilerek taş çıkarma, darlıkların genişletilmesi, stent yerleştirilmesi veya şüpheli lezyonlar için doku biyopsisi gibi işlemler gerçekleştirilir. Prosedürün hem tanısal hem de terapötik yönleri genellikle 30 ila 60 dakika sürer.