Os pacientes são obrigados a chegar ao hospital em jejum para o procedimento. Ao contrário de outros métodos endoscópicos, a CPRE geralmente exige uma internação hospitalar de uma noite para monitoramento pós-procedimento até que o paciente possa retomar uma dieta normal. Os pacientes devem seguir rigorosamente quaisquer instruções específicas fornecidas pelo seu gastroenterologista. É essencial informar o médico sobre todos os medicamentos atuais e quaisquer alergias conhecidas. Antes da CPRE, a anestesia é administrada. Um endoscópio é cuidadosamente inserido pela boca, guiado pelo esôfago, através do estômago e até o duodeno. Do duodeno, a papila, que é a abertura comum dos ductos biliares e pancreáticos, é localizada. Um fluido de contraste é então injetado nesses ductos para obter imagens detalhadas, permitindo a avaliação de características normais ou anormais. Se a intervenção terapêutica for necessária, microinstrumentos especializados são passados através do endoscópio para realizar procedimentos como remoção de cálculos, dilatação de estenoses, colocação de stents ou biópsia de tecido para lesões suspeitas. Tanto os aspectos diagnósticos quanto terapêuticos do procedimento geralmente levam entre 30 e 60 minutos.