Malabsorpsiyon sendromu, besinlerin bağırsaklardan yeterince emilememesi durumudur ve sindirim sistemiyle birlikte vücudun diğer sistemlerini etkileyen çeşitli semptomlarla kendini gösterir. Başlıca belirtileri şunlardır:

* Gastrointestinal Belirtiler: Karın ağrısı, kramp, şişkinlik ve aşırı gaz oluşumu, bulantı, kusma ve kronik ishal (özellikle yağlı, kötü kokulu, açık renkli dışkılama olan steatore).
* Genel Sistemik ve Beslenme Eksikliği Bulguları: Açıklanamayan ve belirgin kilo kaybı, kas erimesi, zayıflık, sık tekrarlayan enfeksiyonlara yatkınlık, kolay morarma ve kanama eğilimi. Ayrıca cilt kuruluğu, cilt lezyonları, saç dökülmesi, ödem (şişlik), kronik yorgunluk, halsizlik, baş dönmesi, sinirlilik ve ilgisizlik hali gözlenebilir.
* Spesifik Vitamin ve Mineral Eksikliklerine Bağlı Bulgular:
* Gece körlüğü (A vitamini eksikliği).
* Kemik ağrısı, osteomalazi/osteoporoz ve artan kırık riski (D vitamini eksikliği).
* Diş eti ve burun kanamaları (K vitamini eksikliği).
* Unutkanlık, konsantrasyon güçlüğü, denge sorunları, ağız çevresi yaraları ve anemi (B12 vitamini eksikliği).
* Çocuklarda ise büyüme ve gelişme geriliği.