Periferik kanda dolaşan kök hücre miktarı normalde düşüktür. Bu nedenle, kök hücre toplama işleminden önce vericilere, kök hücre sayısını artırmak amacıyla granülosit koloni uyarıcı faktör (G-CSF) olarak bilinen büyüme faktörü ilaçları uygulanır. Periferik kök hücreler, özel aferez cihazları kullanılarak vericinin kanından ayrıştırılır. Kök hücreler ayrıldıktan sonra kanın geri kalan bileşenleri vericiye geri verilir. Bu işlem genellikle 4-6 saat sürer ve hastanın ihtiyacına göre birkaç gün üst üste tekrarlanması gerekebilir. Otolog nakillerde, periferik kök hücre vericisi hastanın kendisidir. Toplanan bu kök hücreler hastaya verildikten sonra kemik iliğine yerleşir. Bu tür nakillerde, engraftment (tutunma) ve kan üretimi kemik iliği nakillerine kıyasla daha erken, genellikle 10-20 gün içinde başlar.