पेरिफेरल रक्त में घूमने वाली स्टेम कोशिकाओं की संख्या सामान्य रूप से कम होती है। इसलिए, स्टेम सेल संग्रह से पहले, दाताओं को ग्रैनुलोसाइट कॉलोनी-उत्तेजक कारक (G-CSF) के रूप में जाने जाने वाले वृद्धि कारक दवाएं दी जाती हैं, ताकि स्टेम सेल की संख्या बढ़ाई जा सके। पेरिफेरल स्टेम कोशिकाओं को विशेष एफेरेसिस उपकरणों का उपयोग करके दाता के रक्त से अलग किया जाता है। स्टेम कोशिकाओं को अलग करने के बाद, रक्त के शेष घटकों को दाता को वापस कर दिया जाता है। यह प्रक्रिया आमतौर पर 4-6 घंटे तक चलती है और रोगी की आवश्यकताओं के आधार पर इसे लगातार कई दिनों तक दोहराना पड़ सकता है। ऑटोलॉगस प्रत्यारोपण में, रोगी स्वयं पेरिफेरल स्टेम सेल दाता के रूप में कार्य करता है। एक बार रोगी में डालने के बाद, ये एकत्रित स्टेम कोशिकाएं अस्थि मज्जा में स्थापित हो जाती हैं। इस प्रकार के प्रत्यारोपण में, प्रत्यारोपण (engraftment) और उसके बाद रक्त उत्पादन आमतौर पर अस्थि मज्जा प्रत्यारोपण की तुलना में पहले, आमतौर पर 10-20 दिनों के भीतर शुरू हो जाता है।