Allojenik kök hücre nakli, bir hastaya kendi dışındaki (kardeş, akraba veya akraba dışı) bir vericiden alınan kök hücrelerin aktarılması işlemidir. Otolog nakillerin aksine, allojenik nakiller kanserle mücadelede yeni bir bağışıklık sistemi tepkisi oluşturur. Bu süreçte, vericinin kök hücreleriyle birlikte bağışıklık sistemi hücreleri de nakledilir. Ancak, vericinin lenfositleri alıcının vücudundaki bazı hücreleri yabancı olarak algılarsa, bunlara karşı bir reaksiyon başlatabilir. Bu durum, alıcının organlarında ciddi hasara yol açabilen “graft-versus-host” (GVHD) hastalığına neden olabilir. Bu riski azaltmak amacıyla, nakil sonrası hastaya bağışıklık sistemini baskılayıcı ilaçlar verilerek verici lenfositlerinin reaksiyon göstermesi engellenmeye çalışılır. GVHD riskini minimize etmek için, hasta ile verici arasında mümkün olan en yüksek düzeyde doku uyumu hedeflenir.