Eine allogene Stammzelltransplantation ist der Prozess der Übertragung von Stammzellen von einem Spender (Geschwister, Verwandter oder nicht verwandter Spender), der nicht der Patient selbst ist. Im Gegensatz zu autologen Transplantationen erzeugen allogene Transplantationen eine neue Immunantwort zur Krebsbekämpfung. Bei diesem Verfahren werden Immunzellen zusammen mit den Stammzellen des Spenders transplantiert. Wenn jedoch die Lymphozyten des Spenders bestimmte Zellen im Körper des Empfängers als fremd erkennen, können sie eine Reaktion dagegen auslösen. Dies kann zur „Graft-versus-Host“-Krankheit (GVHD) führen, die schwere Schäden an den Organen des Empfängers verursachen kann. Um dieses Risiko zu mindern, werden dem Patienten nach der Transplantation immunsuppressive Medikamente verabreicht, um zu versuchen, eine Reaktion der Spenderlymphozyten zu verhindern. Um das GVHD-Risiko zu minimieren, wird ein möglichst hoher Grad an Gewebeverträglichkeit zwischen Patient und Spender angestrebt.