Аллогенная трансплантация стволовых клеток — это процесс переноса стволовых клеток от донора (родного брата/сестры, родственника или неродственного донора) к пациенту. В отличие от аутологичных трансплантаций, аллогенные трансплантации создают новый иммунный ответ для борьбы с раком. В этом процессе, наряду со стволовыми клетками донора, пересаживаются и клетки иммунной системы. Однако, если лимфоциты донора воспринимают некоторые клетки в теле реципиента как чужеродные, они могут инициировать реакцию против них. Это может привести к реакции «трансплантат против хозяина» (РТПХ), которая может вызвать серьезное повреждение органов реципиента. Для снижения этого риска после трансплантации пациенту вводятся иммунодепрессанты, чтобы попытаться предотвратить реакцию лимфоцитов донора. Чтобы минимизировать риск РТПХ, между пациентом и донором стремится достичь максимально возможной тканевой совместимости.