Endometriozis, doğurganlığı çeşitli mekanizmalarla bozabilir. Üreme organlarında, özellikle fallop tüplerinde yapışıklıklara ve tıkanıklıklara neden olarak yumurtanın rahme ulaşmasını engelleyebilir. Yumurtalıklarda endometrioma (çikolata kistleri) oluşumu, sağlıklı yumurtlamayı engellemenin yanı sıra yumurta rezervini azaltarak gebelik şansını daha da düşürebilir. Ayrıca, endometriozis lezyonlarından salgılanan iltihabi sitokinler ve hümoral faktörler, embriyo gelişimini ve implantasyonunu olumsuz etkileyebilir. Uygun tedaviyi takiben, iki yıl içinde gebelik oranlarında %40'lık bir artış bildirilmektedir. Doğal yollarla gebelik elde edilemezse, in vitro fertilizasyon (IVF) gibi yardımcı üreme teknikleri düşünülebilir.