Эндометриоз может нарушать фертильность по нескольким механизмам. Он может вызывать спайки и закупорки в репродуктивных органах, особенно в фаллопиевых трубах, тем самым препятствуя попаданию яйцеклетки в матку. Образование эндометриом (шоколадных кист) в яичниках может препятствовать здоровой овуляции и снижать овариальный резерв, что еще больше уменьшает шансы на зачатие. Кроме того, воспалительные цитокины и гуморальные факторы, выделяемые из эндометриоидных очагов, могут негативно влиять на развитие и имплантацию эмбриона. После соответствующего лечения сообщается об увеличении частоты наступления беременности на 40% в течение двух лет. Если естественное зачатие остается безуспешным, могут быть рассмотрены вспомогательные репродуктивные технологии, такие как экстракорпоральное оплодотворение (ЭКО).