A endometriose pode comprometer a fertilidade através de vários mecanismos. Pode causar aderências e obstruções nos órgãos reprodutores, particularmente nas trompas de Falópio, impedindo assim que o óvulo chegue ao útero. A formação de endometriomas (quistos de chocolate) nos ovários pode dificultar uma ovulação saudável e diminuir a reserva ovárica, reduzindo ainda mais as chances de concepção. Além disso, citocinas inflamatórias e fatores humorais liberados das lesões endometrióticas podem afetar adversamente o desenvolvimento e a implantação do embrião. Após tratamento adequado, há um aumento relatado de 40% nas taxas de gravidez dentro de dois anos. Se a concepção natural permanecer sem sucesso, tecnologias de reprodução assistida, como a fertilização in vitro (FIV), podem ser consideradas.