Kök hücre tedavilerinin süresi, uygulanan yönteme göre farklılık gösterir. Enjeksiyon yöntemiyle yapılan uygulamalarda, kök hücrelerin toplanması yaklaşık 15-20 dakika sürer. Ardından, uygulanan protokole bağlı olarak, kök hücrelerin ayrıştırma süreci 45 dakika ile 2 saat arasında değişebilir. Enjeksiyon işlemi ise yaklaşık 1 dakika sürer. Toplama ve enjeksiyon aşamaları hasta ile birlikte gerçekleştirilirken, ayrıştırma süreci hastadan bağımsız olarak yürütülür ve bu esnada hasta dinlenebilir. Ancak, matriks adı verilen taşıyıcılar ile cerrahi olarak uygulanan kök hücre işlemlerinde, cerrahi prosedürün karmaşıklığına bağlı olarak toplam süre 1-2 saate kadar çıkabilmektedir.