La duración de los tratamientos con células madre varía según el método aplicado. En las aplicaciones realizadas mediante inyección, la recolección de células madre suele durar aproximadamente 15-20 minutos. Posteriormente, dependiendo del protocolo utilizado, el proceso de aislamiento de células madre puede oscilar entre 45 minutos y 2 horas. La inyección en sí dura aproximadamente 1 minuto. Mientras que las fases de recolección e inyección se realizan con el paciente, el proceso de aislamiento se lleva a cabo de forma independiente del paciente, durante el cual el paciente puede descansar. Sin embargo, para los procedimientos con células madre realizados quirúrgicamente utilizando portadores llamados matrices, la duración total puede ser de hasta 1-2 horas, dependiendo de la complejidad del procedimiento quirúrgico.