Bağırsak polipleri tespit edildiğinde, genellikle çıkarılması önerilir. Uygulanacak tedavi yöntemi, polipin türüne, boyutuna ve sayısına göre değişiklik gösterebilir.

Polipektomi: Bu yöntem, forseps veya tel döngü kullanılarak kalın bağırsaktan polipin çıkarılması işlemidir. Eğer polip 1 santimetreden büyükse, çevre dokulardan ayrıştırmak ve güvenli bir şekilde çıkarmak amacıyla polipin altına bir sıvı enjekte edilebilir.

Minimal İnvaziv Cerrahi: Kalın bağırsak veya rektum taraması sırasında çok büyük olduğu veya endoskopik olarak güvenli bir şekilde çıkarılamadığı belirlenen polipler, genellikle laparoskopik yöntemle, yani minimal invaziv cerrahi ile alınır.

Total Kolektomi (Kolon ve Rektum Çıkarılması): Ailesel Adenomatöz Polipozis (FAP) gibi nadir görülen kalıtsal hastalıkların varlığında, kolon ve rektumun tamamen çıkarılması (total proktokolektomi) gerekebilir. Bu tür genetik yatkınlığı olan bireylerde kolon kanseri riskini minimize etmenin en etkin yolu genellikle bu cerrahi müdahaledir.

Poliplerle birlikte bir enfeksiyon söz konusu ise antibiyotik tedavisi uygulanabilir. Ancak, poliplerin ilaç tedavisine yanıt vermemesi veya kanser riski taşıması durumunda cerrahi müdahale gerekli hale gelir.