Endoskopi sonrası hafif boğaz ağrısı ve yutma güçlüğü yaşanması normaldir. Bu durum, uygulanan anestezi yöntemine bağlı olarak değişiklik gösterebilir. Genellikle, endoskopi işleminden sonraki birkaç saat içinde bu şikayetler kendiliğinden geçer.