Tedavi edilmemiş Kawasaki hastalığı, çocuklarda edinilmiş kalp hastalıklarının önde gelen nedenlerinden biridir. Zamanında müdahale edilmediğinde, koroner arter anevrizmaları, miyokard iskemisi, mitral yetersizliği dahil olmak üzere kapakçık sorunları ve perikardiyal efüzyon gibi önemli kardiyak komplikasyonlara yol açabilir.