Trakea cerrahisi genellikle genel anestezi altında gerçekleştirilir; ancak belirli durumlarda lokal anestezi de tercih edilebilir. Hasta, ameliyat masasına sırtüstü (supin) pozisyonda yatırılır. Cerrahi alan belirlendikten sonra, uygulanacak işleme göre trakeanın anatomik diseksiyonu yapılır. Trakeanın uç uca anastomozunu sağlamak amacıyla, gerektiğinde boyun diseksiyonu, mediastinal diseksiyon ve akciğer mobilizasyonu gibi çeşitli serbestleştirme manevraları ve teknikleri uygulanır.