ЭРХПГ, как правило, является процедурой с низким риском, когда ее выполняют гастроэнтерологи-специалисты, опытные в этой области. Однако, как и при любом медицинском вмешательстве, редко могут возникать некоторые осложнения. Возможные осложнения включают панкреатит (воспаление поджелудочной железы), холангит (воспаление желчных протоков) или холецистит (воспаление желчного пузыря). Более серьезные, но очень редкие осложнения, такие как кровотечение или перфорация (прокол), также могут возникнуть после разреза (сфинктеротомии), сделанного для расширения желчного протока. Поэтому опыт специалиста, выполняющего процедуру, и соответствующее оснащение медицинского учреждения, где будет проводиться процедура, имеют критическое значение.