Die ERCP ist im Allgemeinen ein risikoarmes Verfahren, wenn sie von auf diesem Gebiet erfahrenen Gastroenterologen durchgeführt wird. Wie bei jedem medizinischen Eingriff können jedoch selten Komplikationen auftreten. Mögliche Komplikationen sind Pankreatitis (Bauchspeicheldrüsenentzündung), Cholangitis (Gallengangsentzündung) oder Cholezystitis (Gallenblasenentzündung). Ernstere, aber sehr seltene Komplikationen wie Blutungen oder Perforation (Durchstoßung) können auch nach einem Einschnitt (Sphinkterotomie) zur Erweiterung des Gallengangs auftreten. Daher sind die Erfahrung des Spezialisten, der den Eingriff durchführt, und die entsprechende Ausstattung der Gesundheitseinrichtung, in der der Eingriff durchgeführt wird, von entscheidender Bedeutung.