A CPRE é geralmente um procedimento de baixo risco quando realizada por gastroenterologistas especializados e experientes na área. No entanto, como em qualquer intervenção médica, algumas complicações podem ocorrer raramente. As possíveis complicações incluem pancreatite (inflamação do pâncreas), colangite (inflamação do ducto biliar) ou colecistite (inflamação da vesícula biliar). Complicações mais graves, mas muito raras, como hemorragias ou perfuração (punção) podem também ocorrer após uma incisão (esfincterotomia) feita para alargar o ducto biliar. Portanto, a experiência do especialista que realiza o procedimento e o equipamento adequado da unidade de saúde onde o procedimento será realizado são de importância crítica.