La CPRE est généralement une procédure à faible risque lorsqu'elle est effectuée par des gastro-entérologues spécialisés et expérimentés dans ce domaine. Cependant, comme pour toute intervention médicale, certaines complications peuvent survenir, bien que rarement. Les complications possibles comprennent la pancréatite (inflammation du pancréas), la cholangite (inflammation des voies biliaires) ou la cholécystite (inflammation de la vésicule biliaire). Des complications plus graves, mais très rares, telles que des saignements ou une perforation (perforation) après une incision (sphinctérotomie) pratiquée pour élargir le canal biliaire, peuvent également survenir. Par conséquent, l'expérience du spécialiste réalisant l'intervention et l'équipement approprié de l'établissement de santé où la procédure sera effectuée revêtent une importance cruciale.