Quando um paciente se apresenta ao hospital com sintomas sugestivos de cólera, um exame físico é realizado por um médico. Para confirmar o diagnóstico de cólera definitivamente, uma amostra de fezes (fecal) é coletada do paciente e enviada a um laboratório. A amostra de fezes coletada é então examinada sob um microscópio especializado. Se a bactéria Vibrio cholerae for identificada no teste de fezes, um diagnóstico de cólera é feito e um plano de tratamento é subsequentemente desenvolvido. O diagnóstico precoce da doença aumenta significativamente as chances de sucesso do tratamento.