A colonoscopia é um procedimento realizado após a obtenção do consentimento do paciente. No entanto, em certas situações, considerando a segurança e a saúde do paciente, pode ser aconselhável adiar ou não realizar uma colonoscopia. Essas situações incluem principalmente: preparação intestinal inadequada, alto risco de perfuração intestinal, inflamação intestinal grave, peritonite (inflamação do peritônio) e pacientes com alto risco de ataque cardíaco.