Kolonoskopi, hasta onayı alındıktan sonra gerçekleştirilen bir prosedürdür. Ancak bazı durumlarda, hastanın güvenliği ve sağlığı göz önünde bulundurularak kolonoskopinin ertelenmesi veya yapılmaması önerilir. Bu durumlar başlıca şunlardır: bağırsak hazırlığının yetersiz olması, bağırsak perforasyonu riskinin yüksek olduğu durumlar, şiddetli bağırsak iltihaplanması, peritonit (karın zarı iltihabı) ve yüksek kalp krizi riski taşıyan hastalar.