Os procedimentos de ablação, particularmente a ablação cirúrgica, podem apresentar alguns efeitos colaterais e riscos potenciais. No entanto, não há garantia de que todo paciente submetido à terapia de ablação experimentará essas complicações.

Os riscos potenciais associados ao tratamento de ablação incluem:
Coágulos sanguíneos
Dano vascular induzido por cateter
Estreitamento dos vasos sanguíneos que transportam sangue entre os pulmões e o coração
Infecção ou sangramento
Raramente, derrame e ataque cardíaco