Los procedimientos de ablación, particularmente la ablación quirúrgica, pueden conllevar ciertos efectos secundarios y riesgos potenciales. Sin embargo, no se garantiza que todos los pacientes sometidos a terapia de ablación experimenten estas complicaciones.

Los riesgos potenciales asociados con el tratamiento de ablación incluyen:
Coágulos sanguíneos
Daño vascular inducido por catéter
Estrechamiento de los vasos sanguíneos que transportan la sangre entre los pulmones y el corazón
Infección o hemorragia
Rara vez, accidente cerebrovascular y ataque cardíaco