एब्लेशन प्रक्रियाएं, विशेष रूप से सर्जिकल एब्लेशन, कुछ संभावित दुष्प्रभाव और जोखिम उठा सकती हैं। हालांकि, यह गारंटी नहीं है कि एब्लेशन थेरेपी से गुजरने वाले हर मरीज को ये जटिलताएं होंगी।

एब्लेशन उपचार से जुड़े संभावित जोखिमों में शामिल हैं:
रक्त के थक्के
कैथेटर-प्रेरित संवहनी क्षति
फेफड़ों और हृदय के बीच रक्त ले जाने वाली रक्त वाहिकाओं का संकुचन
संक्रमण या रक्तस्राव
दुर्लभ मामलों में, स्ट्रोक और दिल का दौरा