A pequena dimensão congênita do pênis, comumente referida como micropênis, muitas vezes deriva de deficiências endócrinas fetais. O hipogonadismo hipogonadotrófico, caracterizado por baixos níveis de hormônios gonadais masculinos, é uma causa frequente. O micropênis também pode estar associado a várias síndromes genéticas ou desenvolver-se a partir de origens idiopáticas.
O encurtamento peniano adquirido, distinto dos casos congênitos, pode estar ligado a condições médicas específicas, intervenções cirúrgicas e certas anomalias congênitas. Este fenômeno pode ser observado em condições como a doença de Peyronie, após procedimentos cirúrgicos como a prostatectomia radical (frequentemente realizada para câncer de próstata), ou devido a malformações congênitas específicas.