A endoscopia por cápsula apresenta várias desvantagens. Ao contrário dos procedimentos endoscópicos tradicionais, não oferece visualização em tempo real nem controle pelo médico, o que significa que áreas específicas não podem ser reexaminadas, vistas de diferentes ângulos ou limpas de secreções que obstruam a visão para uma melhor avaliação. Além disso, não é capaz de realizar biópsias, que são cruciais para o diagnóstico definitivo de lesões detectadas como pólipos, úlceras, locais de sangramento ou massas. A endoscopia por cápsula também carece de capacidades terapêuticas; por exemplo, pode identificar um sangramento, mas não pode intervir para pará-lo. Por último, o procedimento é frequentemente caro e pode não ser coberto por muitos provedores de seguros.