Eine angeborene Peniskleinheit, allgemein als Mikropenis bezeichnet, resultiert oft aus fötalen endokrinen Mängeln. Hypogonadotroper Hypogonadismus, gekennzeichnet durch niedrige Spiegel männlicher Gonadenhormone, ist eine häufige Ursache. Mikropenis kann auch mit verschiedenen genetischen Syndromen verbunden sein oder idiopathische Ursachen haben.
Eine erworbene Penisverkürzung, die sich von angeborenen Fällen unterscheidet, kann mit spezifischen medizinischen Zuständen, chirurgischen Eingriffen und bestimmten angeborenen Anomalien zusammenhängen. Dieses Phänomen kann bei Erkrankungen wie der Peyronie-Krankheit, nach chirurgischen Eingriffen wie einer radikalen Prostatektomie (oft bei Prostatakrebs durchgeführt) oder aufgrund spezifischer angeborener Fehlbildungen beobachtet werden.