A endoscopia é geralmente considerada um procedimento seguro, especialmente quando comparada a intervenções cirúrgicas. No entanto, como todos os procedimentos médicos, ela carrega um pequeno grau de risco.

Os riscos potenciais, embora infrequentes, incluem:
* Sangramento: Isso pode ocorrer durante procedimentos diagnósticos, terapêuticos ou de biópsia.
* Infecção: O risco de infecção é baixo para a maioria dos exames endoscópicos e biópsias. No entanto, pode aumentar se procedimentos adicionais forem realizados como parte da endoscopia. A maioria das infecções é menor e pode ser tratada com antibióticos. Antibióticos profiláticos podem ser administrados se você tiver um risco maior de infecção.
* Perfuração: Em raras instâncias, pode ocorrer uma laceração ou perfuração do esôfago ou de outra parte do trato gastrointestinal superior, levando a potenciais danos aos órgãos.
* Reação à Sedação: Para garantir o conforto do paciente durante o procedimento, a sedação é tipicamente administrada antes de uma endoscopia superior. Embora extremamente raras, reações adversas aos agentes sedativos são possíveis.

Os pacientes devem procurar atendimento médico imediato se apresentarem algum dos seguintes sintomas após uma endoscopia:
* Dor no peito
* Febre
* Dor persistente no local da endoscopia
* Falta de ar
* Dificuldade para engolir
* Dor abdominal grave e persistente
* Vômitos