L'endoscopie est généralement considérée comme une procédure sûre, surtout par rapport aux interventions chirurgicales. Cependant, comme toutes les procédures médicales, elle comporte un faible degré de risque.

Les risques potentiels, bien que rares, comprennent :
* Saignement : Cela peut survenir lors de procédures diagnostiques, thérapeutiques ou de biopsie.
* Infection : Le risque d'infection est faible pour la plupart des examens endoscopiques et des biopsies. Cependant, il peut augmenter si des procédures supplémentaires sont effectuées dans le cadre de l'endoscopie. La plupart des infections sont mineures et peuvent être traitées avec des antibiotiques. Des antibiotiques prophylactiques peuvent être administrés si vous avez un risque d'infection plus élevé.
* Perforation : Dans de rares cas, une déchirure ou une perforation de l'œsophage ou d'une autre partie du tractus gastro-intestinal supérieur, entraînant des lésions organiques potentielles, peut se produire.
* Réaction à la sédation : Pour assurer le confort du patient pendant la procédure, une sédation est généralement administrée avant une endoscopie supérieure. Bien qu'extrêmement rares, des réactions indésirables aux agents sédatifs sont possibles.

Les patients doivent consulter immédiatement un médecin s'ils ressentent l'un des symptômes suivants après une endoscopie :
* Douleur thoracique
* Fièvre
* Douleur persistante au site de l'endoscopie
* Essoufflement
* Difficulté à avaler
* Douleur abdominale sévère et persistante
* Vomissements