हालांकि आमतौर पर दुर्लभ, पीएफओ बंद करने की प्रक्रियाओं में कुछ संभावित जोखिम होते हैं। इनमें हृदय और संवहनी दीवारों का छिद्रण या फटना शामिल हो सकता है, जो बंद करने वाले उपकरण या गाइडवायर के कारण हो सकता है। यह उपकरण आसन्न हृदय ऊतकों को भी नुकसान पहुंचा सकता है, जिससे संभवतः सर्जिकल सुधार की आवश्यकता हो सकती है। कुछ मामलों में, उपकरण हृदय कक्षों के भीतर विस्थापित हो सकता है, जिसके लिए सर्जिकल हस्तक्षेप की आवश्यकता होती है। प्रक्रिया के बाद, दुर्लभ जटिलताओं में संक्रमण शामिल हैं, जिनके लिए एंटीबायोटिक उपचार की आवश्यकता होगी। शायद ही कभी, बंद करने वाले उपकरण पर रक्त के थक्के बन सकते हैं, बहुत कम ही स्ट्रोक का कारण बन सकते हैं। इसके अतिरिक्त, प्रक्रिया के दौरान और बाद में हृदय ताल संबंधी गड़बड़ी (अतालता) विकसित हो सकती है।