Aunque generalmente raras, los procedimientos de cierre de FOP conllevan ciertos riesgos potenciales. Estos pueden incluir la perforación o el desgarro de las paredes cardíacas y vasculares, que pueden ocurrir debido al dispositivo de cierre o a las guías. El dispositivo también podría causar daño a los tejidos cardíacos adyacentes, lo que podría requerir una corrección quirúrgica. En algunos casos, el dispositivo podría desprenderse dentro de las cavidades cardíacas, requiriendo una intervención quirúrgica. Después del procedimiento, las complicaciones raras incluyen infecciones, que requerirían tratamiento antibiótico. Con poca frecuencia, pueden formarse coágulos de sangre en el dispositivo de cierre, lo que muy rara vez conduce a un accidente cerebrovascular. Además, pueden desarrollarse alteraciones del ritmo cardíaco (arritmias) tanto durante como después del procedimiento.