Bien que généralement rares, les procédures de fermeture de FOP comportent certains risques potentiels. Ceux-ci peuvent inclure la perforation ou la déchirure des parois cardiaques et vasculaires, pouvant survenir en raison du dispositif de fermeture ou des fils-guides. Le dispositif pourrait également endommager les tissus cardiaques adjacents, nécessitant potentiellement une correction chirurgicale. Dans certains cas, le dispositif pourrait se déloger dans les cavités cardiaques, nécessitant une intervention chirurgicale. Après la procédure, des complications rares incluent les infections, qui nécessiteraient un traitement antibiotique. Peu fréquemment, des caillots sanguins peuvent se former sur le dispositif de fermeture, très rarement entraînant un accident vasculaire cérébral. De plus, des troubles du rythme cardiaque (arythmies) peuvent se développer pendant et après la procédure.