कावासाकी रोग के लक्षण आमतौर पर तीन चरणों में दिखाई देते हैं।

कावासाकी रोग के चरण 1 के लक्षण (तीव्र अवस्था):
इस चरण के दौरान, तेज और लगातार बुखार के साथ सूजन के महत्वपूर्ण लक्षण देखे जाते हैं।
* कम से कम पांच दिनों तक रहने वाला तेज बुखार
* अधिक स्राव के बिना अत्यधिक लाल आँखें (कंजंक्टिवाइटिस)
* धड़, जननांग क्षेत्र या कमर पर दाने
* लाल, सूखे, फटे होंठ और 'स्ट्रॉबेरी जीभ' के रूप में जानी जाने वाली स्पष्ट रूप से लाल, सूजी हुई जीभ
* हाथों की हथेलियों और पैरों के तलवों पर सूजन और लाली
* गर्दन में सूजी हुई लिम्फ ग्रंथियां, आमतौर पर एकतरफा (सर्वाइकल लिम्फैडेनोपैथी)

कावासाकी रोग के चरण 2 के लक्षण (सबएक्यूट अवस्था):
यह चरण बुखार कम होने और अन्य तीव्र लक्षणों के कम होने के साथ शुरू होता है, और यह चार सप्ताह तक चल सकता है।
* चिड़चिड़ापन
* भूख न लगना
* उंगलियों के पोरों और गुदा के आसपास की त्वचा का छिलना
* प्लेटलेट काउंट में वृद्धि (थ्रोम्बोसाइटोसिस)

कावासाकी रोग के चरण 3 के लक्षण (स्वास्थ्य लाभ अवस्था):
इस चरण में, यदि कोई जटिलता विकसित नहीं होती है, तो लक्षण और संकेत धीरे-धीरे गायब हो जाते हैं। पूर्ण पुनर्प्राप्ति प्रक्रिया, जहां रोग के सभी नैदानिक निष्कर्ष हल हो जाते हैं और प्रयोगशाला मूल्य सामान्य हो जाते हैं, आमतौर पर छठे सप्ताह के बाद शुरू होती है।