एंडोमेट्रियोमा, जिसे अक्सर चॉकलेट सिस्ट कहा जाता है, आमतौर पर अपने आप ठीक नहीं होता है। सबसे प्रभावी उपचार विधि सर्जिकल निष्कासन है। हालांकि कुछ दवाएं लक्षणों को प्रबंधित करने और सिस्ट के विकास को धीमा करने में मदद कर सकती हैं, वे आम तौर पर सिस्ट को खत्म नहीं करती हैं। ऐसे मामलों में जहां एक सिस्ट फट जाता है, उसकी सामग्री पेट की गुहा में फैल सकती है। हालांकि, यदि सिस्ट की दीवार पूरी तरह से नहीं हटाई जाती है, तो उसके दोबारा होने का जोखिम काफी अधिक रहता है।