घुटने के प्रतिस्थापन की सर्जरी और स्टेम सेल थेरेपी के उद्देश्य अलग-अलग होते हैं और इन्हें आमतौर पर एक दूसरे के लिए उपचार विकल्प नहीं माना जाता है। 60 वर्ष से अधिक उम्र के रोगियों के लिए स्टेम सेल थेरेपी की आमतौर पर सिफारिश नहीं की जाती है, मुख्य रूप से क्योंकि इस जनसांख्यिकी में पर्याप्त मात्रा और गुणवत्ता वाली स्टेम कोशिकाएं प्राप्त करना काफी चुनौतीपूर्ण हो जाता है। घुटने के प्रतिस्थापन की आवश्यकता वाले रोगियों में आमतौर पर घुटने के जोड़ के कई घटकों को प्रभावित करने वाली व्यापक क्षति होती है। इसके विपरीत, स्टेम सेल अनुप्रयोगों को आमतौर पर उन मामलों में प्राथमिकता दी जाती है जहां उपास्थि की क्षति घुटने के एक विशिष्ट हिस्से तक ही सीमित होती है, जबकि अन्य जोड़ संरचनाएं स्वस्थ रहती हैं। स्टेम सेल उपचार के मौलिक चिकित्सीय सिद्धांत घुटने के प्रतिस्थापन से काफी भिन्न होते हैं। हालांकि कुछ इंजेक्शन, जैसे हाइलूरोनिक एसिड, उन रोगियों के लिए एक विकल्प हो सकते हैं जो घुटने के प्रतिस्थापन की सर्जरी नहीं करवा सकते हैं, स्टेम सेल थेरेपी अक्सर ऐसे परिदृश्यों में पसंदीदा विकल्प नहीं होती है। स्टेम सेल उपचार सीमित उपास्थि दोषों के लिए सबसे उपयुक्त है, जबकि घुटने के प्रतिस्थापन के लिए संकेतित रोगियों में व्यापक जोड़ और उपास्थि का क्षरण होता है।