एनिसोकॉरिया का सबसे प्रमुख नैदानिक ​​संकेत यह है कि एक पुतली दूसरी से काफी बड़ी होती है। जबकि कुछ मामलों में यह एकमात्र खोज हो सकती है, अंतर्निहित कारण की प्रकृति या स्थिति की प्रगति के आधार पर विभिन्न अतिरिक्त लक्षण देखे जा सकते हैं। एनिसोकॉरिया से जुड़े अन्य लक्षणों में शामिल हो सकते हैं:
* आंखों में दर्द
* धुंधली दृष्टि
* दोहरी दृष्टि (डिप्लोपिया)
* प्रकाश के प्रति संवेदनशीलता (फोटोफोबिया)
* अचानक दृष्टि हानि
* सिरदर्द
* बुखार
* मतली या उल्टी
* गर्दन में दर्द या अकड़न