विशेषज्ञ चिकित्सक द्वारा की जाने पर लिवर बायोप्सी आमतौर पर एक सुरक्षित प्रक्रिया है। हालांकि, किसी भी चिकित्सा प्रक्रिया की तरह, इसमें भी कुछ अंतर्निहित जोखिम होते हैं। बायोप्सी के बाद मरीजों को पसली क्षेत्र और दाहिने कंधे में दर्द का अनुभव हो सकता है। रक्तस्राव भी एक संभावित जटिलता है, हालांकि इसे कम जोखिम वाला माना जाता है। शायद ही कभी, संक्रमण का खतरा होता है। बहुत ही दुर्लभ मामलों में, पित्ताशय जैसे आंतरिक अंग को अनजाने में नुकसान हो सकता है। प्रक्रिया-पूर्व अल्ट्रासाउंड मार्गदर्शन इन जोखिमों को काफी हद तक कम करता है।
यदि ट्रांसजुगुलर बायोप्सी की जाती है, तो कैथेटर डालने की जगह पर रक्त जमा (हेमेटोमा) हो सकता है, जिससे स्थानीय दर्द हो सकता है। कभी-कभी, यह विशेष प्रक्रिया नसों को प्रभावित कर सकती है, जिसके परिणामस्वरूप अस्थायी रूप से पलक का लटकना (ptosis) जैसे प्रभाव हो सकते हैं।